La investigación es la fase en la que el fiscal delegado, con el apoyo de la policía judicial, busca fortalecer los elementos materiales probatorios o evidencia física o información legalmente obtenida que sirvieron de fundamento a la formulación de imputación, con el objetivo de poder acusar a los presuntos autores o partícipes de la conducta investigada, solicitar la preclusión, o dar aplicación al principio de oportunidad. (Fiscalia General de la Nación, 2009)
La investigación comienza con la formulación de la imputación y se extiende hasta antes de la presentación del escrito de acusación, sin perjuicio de que se pueda continuar con los actos de investigación incluso hasta el juicio oral, toda vez que durante su desarrollo es posible la aparición de elementos materiales probatorios, evidencia física o información legalmente obtenida no conocidos hasta ese momento, los que de manera excepcional pueden ser aducidos por las partes durante la etapa probatoria del debate, conforme con lo previsto en el inciso final del artículo 344 del Código de Procedimiento Penal.